Isang batang babaeng salamangkera ang nagtitipon ng mga hiyas para sa kanyang mahikang kapangyarihan sa isang madilim at malungkot na mahiwagang kagubatan. Kailangan niyang kolektahin ang mga mahiwagang hiyas na nagtataglay ng mga elemento tulad ng apoy, lupa, tubig at kulog. Kailangan mo siyang tulungan na kolektahin ang mga hiyas na ito, ngunit mayroon ka lamang 100 galaw upang makumpleto ang lahat ng layunin. Sa bawat layuning makumpleto, makakakuha ka ng level at kikita ng mas maraming puntos. Ang Jewel Mysteries ay isang laro na lubos na nakabatay sa highscore, na may mga layunin at limitadong galaw. Kailangan mong tanggalin ang mga hiyas sa pamamagitan ng pag-click sa mga grupo ng 3 o higit pang hiyas. Kung makakagawa ka ng 7 sunud-sunod na combo, makakapasok ka sa jewel BURST mode. Sa jewel BURST mode, makakakuha ka ng dobleng puntos.