Ang sikat na salamangkero na si Harry Potter ay nahaharap sa isang malaking problema. Si Lord Voldemort, muli, ay nakawala at nanggugulo sa Hogwarts. Abala si Harry sa mahahalagang gawain ng salamangka, kaya sa larong Harry Potter in Trouble, ipinatawag ang mga may malaking kakayahan upang tumulong sa bayan, ang kinalalagyan ng kanyang minamahal na paaralan ng salamangka. Hindi iba kundi ang Presidente ng Estados Unidos ng Amerika, si Barack Obama. Gayunpaman, isang talagang mahirap na gawain ang naghihintay. Sa pakikipagsapalaran na ito ay kailangang hanapin ang malaking bilang ng mga artifact na gagamitin. Ang kaaya-ayang Presidente ng Estados Unidos ay matututo pang gumamit ng magic wand upang makagawa ng ilang pangunahing spells na magiging kapaki-pakinabang sa kanya sa paglalaro.